Sie sind durch Altäre ausgefüllt, die von Egid Quirin Asam stammen. In ihrem Aufbau sind sie alle gleich. Der Altartisch ist vorne mit Ornamenten reich geziert und vergoldet. Der Stuckmarmor setzt sich fort in den gewundenen Säulen, die ein ovales Relief und ein rechteckig umrahmtes Bild flankieren und in einen Baldachin aus feinstem Stuck einmünden.

• Der vordere Altar auf der Südseite hat im Relief St. Josef und auf dem Bild die Hlst. Dreifaltigkeit mit der Krönung Mariens;
  
• der vordere Altar der Nordseite Schutzengel und ein ergreifendes Kreuzigungsbild;
  
• der rückwärtige Altar der Südseite: im Relief Johannes Nepomuk, im Bild Maurus, den Plazidus rettend;
  
• der rückwärtige Altar der Nordseite: St. Scholastika, im Bild eine Vision St. Benedikts.
  

Die drei letzteren stammen von Cosmas Damian Asam.

Auf den Hauptbögen der großen Nischen sitzen die bewegten Figuren der 4 Evangelisten Johannes, Matthäus, Markus und Lukas mit ihren Attributen Adler, Engel, Löwe, Stier. Die große Hohlkehle der Kuppel ist durch 8 verzierte Gurte in 4 schmale und 4 breite Felder eingeteilt. In den schmalen über den 4 Altären schweben auf edlem Brokathintergrund die Erzengel Michael, Gabriel, Raphael und Uriel. Die breiten schmücken 4 reich umrahmte, vergoldete Szenenbilder. Über dem Evangelisten Johannes der Tod St. Benedikt, über dem Evangelisten Matthäus die Begegnung des Gotenfürsten Totila mit St. Benedikt, über dem Evangelisten Markus der Tod seiner Schwester Scholastika, über dem Evangelisten Lukas der Bau des Klosters Monte Cassino. Der Rahmen des Kuppelausschnittes ist mit Ornamentik, Wolkengebilden und Engelgruppen belebt, die den Sternenreifen tragen. Zwischen diesem und der Brüstung schaut an der Südseite der Architekt und Maler herab: Cosmas Damian Asam in Künstlerkleidung seiner Zeit, im Deckenfresko schräg über ihm als Genius sein Bruder Egid Quirin.